しかし、すべての通信がIPSを通過するため、IPS自体の処理能力がネットワーク全体の通信速度（スループット）のボトルネックになるリスクがあります。また、IPSに障害が発生した場合に通信が途絶えてしまう「フェイルクローズ（Fail-Closed）」を避けるため、障害時にパケットをそのままバイパスさせる「バイパスユニット」などの可用性対策も必要になります。

さらに、検知手法はIDSと同様に「シグネチャ検知」と「アノマリ検知」を用いますが、IPSで誤検知（過検知）が起きると、正常なユーザーの業務通信まで自動遮断してしまうため、よりシビアなしきい値調整とルール管理が求められます。