また、システム監査において最も重視されるのが「独立性」と「客観性」です。監査を行う者は、監査対象となるシステムの開発や運用に直接関わっていない第三者でなければなりません。自分自身や自分が所属する部署が関わったシステムを監査すると、都合の悪い問題点を見逃したり正当な評価ができなかったりする恐れがあるためです。監査結果は「システム監査報告書」として経営者に提出され、指摘事項に対する改善勧告が行われますが、監査人自身が改善作業を直接行うことはありません（これを指導業務の分離と呼びます）。

国家試験におけるシステム監査の出題では、「監査人の独立性」が頻出テーマです。例えば、「システム開発のプロジェクトマネージャーが、自身が担当したプロジェクトのシステム監査人を兼ねることは適切か」といった問いに対して、独立性が損なわれるため不適切であると判断できる必要があります。また、「監査証跡（ログや操作記録など）」や「システム監査報告書」の役割についてもよく問われます。