また、データ転送コネクションを確立する際の接続方向により、「アクティブモード」と「パッシブモード」という2つの動作モードがあります。初期のアクティブモードでは、サーバー側からクライアントに向けて接続を開始するため、クライアント側のファイアウォールやルータ（NAT）によって接続が遮断されてしまうという問題がありました。これを解決するため、データ接続もクライアント側からサーバーに向けて開始するように工夫されたのが「パッシブモード（PASV）」であり、現在多くの環境で標準的に利用されています。

従来のFTPは、ID・パスワードやファイルデータ本体を平文のままで流すため、ネットワーク盗聴による情報の流出リスクがありました。現在では、SSH（Secure Shell）の暗号化技術を利用してファイルを安全に送信する「SFTP（SSH File Transfer Protocol）」や、Webサーバーと同様にSSL/TLSの暗号化技術を適用した「FTPS（FTP over SSL/TLS）」への移行が進んでいます。