Java Silver試験では、コマンドライン操作に関する細かな表記ルールが非常に高い頻度で出題されます。 最も典型的なひっかけ問題は、実行時のjavaコマンドの引数指定です。 「javac Sample.java」とコンパイルする際は「.java」拡張子が必要ですが、「java Sample」と実行する際は「.class」拡張子をつけてはいけません。「java Sample.class」と実行しようとすると、JVMは「Sample/class」という名前のクラスを探そうとして「java.lang.NoClassDefFoundError」や「Could not find or load main class」という実行時エラーを発生させます。 また、Java 11の単一ファイル実行（java Sample.java）機能を使った場合、ディスク上に.classファイルが保存されない挙動や、複数クラスが含まれる場合の最初のクラスが対象になる点なども試験のポイントとなります。

コンパイルを実行するツールが含まれる「JDK」や、生成されたバイトコードを動かす「JVM」、プログラムの始点となる「mainメソッド」は、このコンパイルと実行の基本フローに直結する必須用語です。