一方でデメリットもあります。クライアント側に専用のソフトウェアをインストール・設定する必要があるため、利用者が増えたり、ソフトウェアのバージョンアップが発生したりするたびに、システム管理者がすべてのクライアント端末をメンテナンスしなければならず、運用コスト（TCO：総所有コスト）が増大しがちです。このメンテナンスの課題を解決するために発展したのが、専用ソフトをインストールせずにブラウザだけで利用できる「Webシステム（3層アーキテクチャ）」です。

情報処理安全確保支援士試験の科目A-1では、クライアントサーバシステムの歴史的な背景や、他のアーキテクチャとの比較がよく問われます。「データとプログラムの集中管理による一貫性の確保」や、「処理の分散によるサーバー負荷の軽減」といった特徴を選択肢から選ばせる問題が頻出です。