一方、HIDS（Host-based IDS）は、監視対象のサーバーやパソコンに直接専用のソフトウェア（エージェント）をインストールして動作します。ホスト内のシステムログやイベントログ、OSの重要ファイルの改ざん、レジストリの変更などを監視するため、暗号化された通信が解読された後のローカルな動作や、特定のホストを狙ったローカルな攻撃を詳細に検知することができます。
検知の手法には、既知の攻撃パターンを定義したデータベース（シグネチャ）と照合する「シグネチャ検知（パターンマッチング方式）」と、正常時のトラフィックモデルを学習しておき、そこから大きく逸脱した通信パターンを検出する「アノマリ検知（異常検知方式）」があります。
試験では、IDSが「検知と管理者の通知」に特化したシステムであり、攻撃トラフィックを「自ら遮断・防御する機能はない」という基本仕様が問われます。
また、検知の精度に関する概念である「ファルスポジティブ（過検知・誤検知）」と「ファルスネガティブ（検知漏れ）」の違いも重要です。ファルスポジティブは、正常な通信を誤って攻撃と判断してしまうことで、これが多発するとアラートの監視業務が麻痺します。ファルスネガティブは、実際の攻撃を見落としてしまうことで、セキュリティ上の重大な脅威となります。これらの検知手法や設置タイプの組み合わせによる特徴を整理しておく必要があります。
関連する用語には、検知に加えて通信の自動遮断まで行う「IPS（侵入防止システム）」や、ネットワークの境界で不要なポートを塞ぐ「ファイアウォール」、セキュリティログを一元管理して相関分析を行う「SIEM（Security Information and Event Management）」があります。