しかし、すべての通信がIPSを通過するため、IPS自体の処理能力がネットワーク全体の通信速度（スループット）のボトルネックになるリスクがあります。また、IPSに障害が発生した場合に通信が途絶えてしまう「フェイルクローズ（Fail-Closed）」を避けるため、障害時にパケットをそのままバイパスさせる「バイパスユニット」などの可用性対策も必要になります。
さらに、検知手法はIDSと同様に「シグネチャ検知」と「アノマリ検知」を用いますが、IPSで誤検知（過検知）が起きると、正常なユーザーの業務通信まで自動遮断してしまうため、よりシビアなしきい値調整とルール管理が求められます。
試験では、IDSとIPSの違いが最も頻出します。「検知とアラート通知のみを行うのがIDS」「検知に加えて通信の自動遮断まで行うのがIPS」という違いを確実に理解しておきましょう。また、設置構成における「インライン配置（IPS）」と「プロミスキャスモードによるミラーポート接続（一般的なIDS）」の配置の差異や、それに伴う通信遅延のリスクについても整理が必要です。
さらに、アノマリ検知やシグネチャ検知のメリット・デメリット（未知の攻撃への対応力など）についても、IDS/IPS共通の概念として問われます。
関連する用語には、攻撃を検知・通知する「IDS（侵入検知システム）」、Webアプリケーションへの攻撃に特化した「WAF（Web Application Firewall）」、ネットワークの出入り口でアクセス制御を行う「ファイアウォール」があります。