検疫ネットワークのシステムは、一般的に「検査」「隔離・治療」「許可」の3つのフェーズで動作します。
ユーザーが端末(PCやスマートフォン)を物理的なLANケーブルや社内Wi-Fiに接続した際、認証スイッチやIEEE 802.1X認証を用いたネットワーク制御によって、最初は通常の社内LANから遮断され、通信先が検疫ネットワークに限定されます。
次に、端末に導入された検疫エージェントやWebブラウザ経由のモジュール(ActiveXやJava等、あるいはポリシーサーバーによるスキャン)により、セキュリティ状態の検査(検疫)が行われます。検査項目には、OSのセキュリティパッチの適用状況、ウイルス対策ソフトのシグネチャ(定義ファイル)の更新日、許可されていない危険なソフトウェア(ファイル共有ソフトなど)の有無が含まれます。