システム監査とは、企業や組織が利用している情報システムが、安全かつ有効に、そして法律や社内ルールを守って正しく運用されているかどうかを、独立した第三者の立場から客観的に点検・評価することです。評価した結果を踏まえて、問題点があれば改善のためのアドバイス（勧告）を行います。
システムが正しく動いているかをチェックするだけでなく、「個人情報が漏洩しない仕組みになっているか（安全性）」「無駄なコストがかかりすぎていないか（効率性）」「災害時に復旧できるようになっているか（信頼性）」など、多角的な視点から評価します。監査を行う人を「システム監査人」と呼び、客観的な意見を述べることが求められます。
例えば、あるネットショップ運営会社でシステム監査を行う場合の具体例です。